Mittelstetten wurde 788 das erste Mal als Mouitilstat (Wohnstatt des Mutilo) erwähnt, als Herzog Tassilo III. den Ort samt Kirche dem Kloster Benediktbeuern schenkte. Um 1200 wurden drei Namen als "Milites in Muotelinsten", also Ritter von Mittelstetten, genannt. Im späten 13. Jahrhundert wurden Güter in Mittelstetten dem neu gegründeten Kloster Fürstenfeld übertragen. Anfang des 16. Jahrhunderts besaß das Kloster drei Höfe und eine Taverne in Mittelstetten. Letztere war eine wichtige Raststation für Reisende von München nach Augsburg. 1818 erfolgte die Gemeindebildung zusammen mit den Gemeindeteilen Hanshofen, Längenmoos und Vogach. 1972 wurde der, vormals zur Gemeinde Baierberg gehörende, Ortsteil Oberdorf Mittelstetten zugeschlagen. 1978 wurde die davor eigenständige Gemeinde Tegernbach eingemeindet.
